Die Pflanzen sind toleranter gegenüber Krankheiten und Schädlingen. Den Mechanismus muss man sich wie eine Impfung vorstellen, durch den Kontakt mit dem Mykorrhizapilz ist die Abwehr der Pflanze zunächst alarmiert. Dieser Zustand wirkt sich dann günstig auf die Vitalität der Pflanzen aus. Außerdem sind mögliche Eintrittstellen von Schadorganismen an den Pflanzenwurzeln bereits durch die Mykorrhizapilze besetzt. Mykorrhiza ist aber dennoch kein Pflanzenschutzmittel und es treten auch keine Resistenzen der Pflanze gegenüber Krankheiten und Schädlingen auf.

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